Este es otro de los metabolitos orgánicos en orina. La aciduria p-hidroxifenilacética se ha encontrado útil en la detección de la enfermedad del intestino desgado asociada con la infestación de Gierdia Lamblia, la reserción ileal con asa ciega y otras enfermedades del intestino delgado asociadas con el sobrecrecimiento bacteriano anaaróbico.

Estudios in vitro han confirmado la producción de 3,4 dihidroxifenilpropionatoa a partir de quinolinas de la dieta por varias especies de Clostridios y este compuesto es degradado por una enzima producida por Escherichia coli, lo que ayuda a asegurar su supervivencia en presencia de Clostridios intestinales.

Las bacterias del intestino superior producen las enzimas que catalizan la conversión de triptófano a indol. El indol absorbido se convierte en el hígado en indoxilo que luego se sulfata para permitir la excreción unrinaria. El sulfato de indoxilo se conoce como Indican. Por este motivo, la presencia de niveles elevados Indican en orina es un signo de sobrecrecmiento bacteriano en intestino delgado (SIBO).

Los antibióticos orales no absorbibles reducen los niveles de indican en orina. La excreción de Indican también se reduce cuando el intestino está poblado por cepas de Lactobacillus a niveles elevados.

Es un producto del metabolismo de los carbohidratos. Aunque bajas concentraciones de ácido láctico se producen por tejidos humanos, es un producto importante de varias cepas bacterianas que habitan en el intestino humano. Bajo condición de malabsorción de carbohidratos, el D-Lactato aumenta simultáneamente en sangre y en orina. Cuando las tasas de producción intestinal exceden la capacidad de eliminación, se produce acidosis D-Láctica. Cualquiera que sea el origen, los pacientes se manejan con antibióticos y probióticos, incluyendo Saccharomyces boulardii.

También es un producto del metabolismo de los carbohidratos y se produce por una cepa de bacterias aeróbicas. Este compuesto a PH fisiológico contiene tres cargas negativas, lo que le confiere carácter quelante. De hecho, se ha observado deficiencia de magnesio en rumiantes con un exceso de bacterias productoras de tricarballilato. Esta condición se conoce como "Tetania de hierba", también acompañada de niveles bajos de calcio y zinc.

El benzoato fue uno de los compuestos que se encontró primero elevado en la orina de pacientes con SIBO de diversos orígenes. El catabolismo bacteriano de los polifenoles de la dieta puede ser el origen predominante del benzoato, que normalmente se conjuga en el hígado para formar hipurato